根据中共南平市委、南平市人民政府批复的《武夷山市党政机构改革方案》（南委[2002]13号）和《中共武夷山市委、武夷山市人民政府关于武夷山市党政机构改革的实施意见》（武委[2003]47号）精神，保留武夷山市环境保护局。武夷山市环境保护局是市政府主管环境保护工作的工作部门，为正科级。
主要职责
（一）贯彻执行国家环境保护的方针、政策和法律、法规、规章和标准。组织拟定我市环境保护政策、措施，并负责颁布后的执行，依法对全市环境保护工作实施统一监督管理。受市政府委托对我市重大经济的技术政策、发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响论证。
（二）拟定我市环境保护规划和计划；参与编制我市可持续发展纲要的中长期规划计划；组织拟定和监督实施我市污染防治规划和生态保护规划；组织编制环境功能区划；审核城市总体规划中的环境保护内容；组织编报全市环境质量报告书；发布全市环境状况公报。
（三）负责对我市大气、水体、土壤、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车等的污染防治法规和规章的组织实施、指导、协调工作。组织实施污染物总量控制，污染物排放申报登记、排污许可证管理。
（四）监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、生态环境建设和生态破坏恢复工作；监督检查各种类型自然保护区以及风景名胜区、森林公园环境保护工作；监督检查生物多样性保护、野生动植物保护、湿地环境保护工作；向市政府提出新建的各类自然保护区审批或报批建议。
（五）指导和协调解决辖区内部门或乡（镇）间的重大环境问题；调查处理重大环境污染事故、生态破坏事件和环境污染纠纷；组织和协调乡（镇）间的水污染防治工作；组织开展全市环境保护执法检查活动。
（六）贯彻执行各项环境管理制度；按国家规定审定开发建设活动环境影响的报告书（表）、指导城乡环境综合整治；负责农村生态环境保护；指导我市生态示范区建设和生态农业建设。
（七）组织环境保护科技发展、科学研究和技术示范工程，总结推广环境保护的先进经验和技术；管理全市环境管理体系和环境标志认证；建立和组织实施环境保护资质认可制度；指导和推动环境保护产业发展；监督实施环境保护国家标准、地方标准和环境保护行业标准。
（八）组织我市环境监测、统计、信息工作。制定环境监测制度和规范并监督执行；组织建设和管理我市环境信息网；组织对全市环境质量监测和污染源监督性监测。
（九）承担我市环保对外科技协作和交流工作，负责申请、审核对外环境保护协作项目，引进资金、技术、组织开展和监督我市履行国际环境保护公约的有关活动。
（十）指导和协调我市环境保护宣传教育工作；协同有关部门在大、中、小学和成人教育、培训中开展环境教育和社会环境宣传教育工作；推动公众和非政府组织参与环境保护。
（十一）管理本局及直属单位机构编建设以及人事管理；指导全市环境保护队伍建设，规划与组织指导全市环境保护系统在职人员岗位培训和继续教育。
（十二）协调各相关部门齐抓共管我市环境保护工作，承办市环境保护委员会的具体工作。
（十三）承办市政府交办的其他事项。
内设机构
根据上述职责，市环境保护局内设3个职能股。
（一）综合股
1、协助局领导组织协调机关工作；组织贯彻执行机关各项规章制度，拟定局机关年度工作计划、总结，负责会议组织、文电处理、信息、秘书事务、档案管理、治安保卫、机要保密、信访、机关财务、资产管理、行政后勤工作和重大污染事故的情况通报及有关联络工作；指导所属单位行政、后勤事务管理；
2、监督管理直属单位国有资产、财务和内部审计工作；负责环境宣传教育工作；
3、负责人大提案、政协议案的督办和局长办公会议决定等事项的落实督查工作；
4、负责局机关和直属单位机构编制、人事、劳动工资管理、退休干部管理和专业技术职称的评聘、奖惩、行政监察和继续教育工作；
5、承办出国人员政审及公派人员的选拨考核工作；
6、组织全市环保行政表彰；指导环保系统行政管理体制改革、规范化建设；协助局党支部做好局机关及下属单位的党群工作。
（二）规划法规股
1、拟定我市环境保护规划、计划；
2、负责环境信息工作；制定环境监测有关制度和规范；
3、组织制订和实施全市环境保护中长期规划和年度计划；
4、拟定并组织实施全市污染物排放总量控制计划和跨世纪绿色工程规划；
5、参与制定我市可持续发展纲要与计划；
6、审核城市总体规划中的环境保护内容；
7、参与重大经济和技术政策、发展规划和重大经济开发计划环境影响评价工作；指导乡镇环境规划、计划的制定、实施和考核；
8、负责市长环境环保目标责任制，城市环境综合整治定量考核工作；
9、归口管理市排污费使用计划，并监督、审计治理贷款、补助经费的使用、催还基金贷款；
10、负责上级补助的环保系统项目审核工作。组织发布城市和流域环境质量状况；
11、组织开展我市环保法制建设。拟定我市环境保护法制宣传教育计划；
12、负责辖区内的环境行政执法稽查，指导和协调本辖区的环保行政执法工作；负责组织开展全市性环境保护执法检查活动；
13、承办辖区内环境保护和行政处罚（一般程序）裁定，依法开展各类环保行政案件的听证活动；参与重大环境污染的调查和处理；
14、负责组织开展辖区内环保行政案件的统计和归档等工作，落实重大环保行政案件的备案制度；
15、承办本局的行政诉讼工作；
16、承办市环境保护委员会办公室的具体工作，协调相关部门齐抓共管我市的环境保护工作。
（三）监督股
1、贯彻执行国家有关建设项目环境管理的法律、法规、政策和标准，拟定和组织实施我市开发建设项目环境保护管理的工作制度；
2、负责审批、报批和论证权限范围内基本建设项目、区域开发建设项目和技术改造项目的环境影响报告书（表），负责“三同时”管理和环保设施竣工验收工作；
3、归口全市建设项目环境管理；
4、组织拟定和监督实施我市有关自然生态保护方面的政策和管理措施；
5、参与拟定生物多样性保护计划；
6、组织编制我市自然保护区规划；
7、提出新建的各类级别的自然保护区审批建议；
8、监督自然资源开发活动中的环境保护；
9、协调指导和监督农业环境保护以及矿区复垦、生态破坏恢复整治、湿地环境保护、荒漠化防治工作；
10、管理生物技术环境安全；负责农村生态环境保护；
11、指导我市生态示范区建设和生态农业建设；
12、参与协调解决市政府各部门的重大环境问题，参与调查处理重大环境污染事故。
13、负责开展我市环境污染和公害防治工作，监督管理全市工业污染源；
14、组织实施大气、水体、噪声、固体废物、有毒化学品、电磁辐射、放射性物质污染防治政策管理措施，以及机动车的污染防治政策和管理措施；
15、组织实施排污申报登记、排污许可证、污染源限期治理和达标排放、危险废物的经营许可、有毒化学品进出口登记等环境管理制度；
16、组织编制环境功能区划；
17、组织拟定和监督实施全市重点流域、重点区域污染防治规划和“一控双达标”工作；
18、负责可用作原料的废物进出口初审工作；
19、组织防治污染设施运行情况检查；
20、拟定我市污染限期治理及年度治理计划、建议，负责企业重点污染治理项目责任制的制定，管理与考核；
21、组织推广污染集中控制及清洁生产工艺；
22、负责实施市定环境污染治理工程计划；
23、承担核安全、辐射环境、放射性废物管理工作、拟定有关管理措施；
24、参与辐射事故应急工作；
25、对核设施安全和电磁辐射和伴有放射性矿资源开发利用中的污染防治实行统一监督管理，组织处理环境污染事故。
