据近年来植被调查表明，区内已知低等植物840种：其中菌类植物503种；地衣植物98种；藻类植物239种。高等植物284科117属2888种：其中苔藓植物73科192属36工种，有id种为中国新纪录，27种为中国大陆新纪录，259种为福建省新纪录，中国特有种18种，东亚特有种94种；蕨类植物40科85属 280种，占全国蕨类总数的 10.8％，占福建省蕨类总数的 76.g％；裸子植物 7科 18属 25种，占全国裸子植物总数的 8.9％，占福建省裸子植物总数的 40.1％；被子植物 164科 812属 2222种，占全国被子植物总数的9%，占福建省被子植物总数的54．2％；本区种子植物种类数量在中国中亚热带地区位居前列：其中有中国种子植物特有属27属（含31种，隶属于23科，其中单型科3个），占中国特有属的11．l％（表3-1）；列入《中国植物红皮书》的物种28种，其中二级重点保护9种，三级重点保护的19种，稀有种类13种，渐危种类15种（表3-2）；列入《中国野生植物保护条例》的国家重点保护野生植物104种，有模式产地种47种。武夷山兰科植物资源丰富，甚具特色，已知有32属78种（表3-3）。其中，宽距兰属的宽距兰（Yoania japonica）、多花宽距兰（Y．amagiensis）为我国新纪录种；天麻属的黄赤箭（Gastrodia javanica）为中国大陆分布新纪录；盂兰（Le。anor。h。。n。gr。cans）为福建省分布新记录；另外，一些广布种，如软枣猕猴桃（Aclindia arguta）等，在本区发育过程中常发生变异而形成变种或变型，说明武夷山植物种类的特异性和变异性。